U drugom dijelu obraćanja javnosti bivšeg predsjednika Stjepana Mesića u Novom listu, a povodom presude hrvatskim generalima u Haagu, Mesić tvrdi da su Ivan Jarnjak, Vladimir Šeks i Miroslav Tuđman pročešljali transkripte prije njega te da ga je na Pantovčaku dočekao kaos.
“Preuzimanjem cijeloga Ureda Predsjednika, ja jesam preuzeo i osoblje i dokumentaciju, ali – upozoravam na formulaciju – u onakvom stanju u kakvome je toga trenutka bila. To se posebno odnosi na dokumentaciju. Ona je bila na tri mjesta: u kancelariji Vesne Škare Ožbolt, pomoćnice Predstojnika Ureda, u Pismohrani i u Arhivu u podrumu glavne zgrade gdje su radili službenici koji su se bavili presnimavanjem audio-vizualnih zapisa. Povrh toga, svaki savjetnik, kao i pomoćnici i pročelnici imali su u svojim kancelarijama i sefovima raznu dokumentaciju, uključujući i te famozne transkripte.  Dakle, dokumenti su bili doslovno razbacani po cijelome Uredu”, navodi Mesić dodajući da je u svibnju godine 2000. formirana komisija sa zadatkom da popiše, preuzme i pohrani dokumentaciju što je zatečena u Uredu.
Riječ je o dokumentima, tvrdi Mesić, koji su bili u kancelariji Vesne Škare Ožbolt, u Pismohrani, te u Arhivu u podrumu.
“Iz zatečenih zapisnika mogli smo utvrditi da je Jarnjak osobno čitao i izdvajao one transkripte koji su mu se činili, iz raznih razloga, zanimljivima. Riječ je o stotinama dokumenata, zapisnicima sa sjednica VONS-a, predsjedništva HDZ-a i osobnih razgovora predsjednika Tuđmana s najpovjerljivijim suradnicima”, navodi Mesić u tekstu napominjući da je jedan dio tih transkripata preuzeo Vladimir Šeks,  drugi Miroslav Tuđman,  dok je treći dio na čudan način nestao.
“Da, upravo tako: nestao. Na primjer: nema ni jednog transkripta, osim dva ili tri kurtoazna razgovora, o susretima kojima je prisustvovao Jarnjak i Ivić Pašalić”, piše Mesić u Novom listu te tvrdi da je laž kako su svi transkripti bili u zapečaćenim kuvertama s oznakom ‘tajno’.
“Zapečaćena nije bila ni jedna kuverta. Mnoštvo transkripata i nije bilo u propisanim omotnicama, niti su sve omotnice imale oznaku tajnosti. Kolika je pravna relevantnost oznaka na kuverti, odnosno omotnici, da i ne govorimo “, piše Mesić koji tvrdi da nikada nije  puštao u javnost irelevantne transkripte – na primjer, koga bi i zašto zanimalo kako se Hloverka Novak Srzić  žalila na probleme u uređivanju i izdavanju tjednika Danas, ili kako je tužakala Tuđmanu svojega nadređenoga na HTV-u, Mirka Galića ?
Izostavio homoseksualce
“Ili pak transkript koji govori o jednoj i po satnoj raspravi u državnom i stranačkom vrhu, tko je tu homoseksualac, uz navođenje imena – naravno. Takvim se stvarima nisam bavio. Ne bježim, da ponovim i još jednom naglasim, od toga da sam određene stvari učinio dostupnima javnosti. I ponosan sam na to, jer sam time otvorio put početku istinske demokratizacije hrvatskoga društva”, kaže Mesić.
“Na hrvatskoj strani je bilo znatno više zločina nego što je javnosti poznato”
U posljednjem dijelu svoga pisma Novom listu, Mesić ističe da je na hrvatskoj strani bilo znatno više zločina nego što je javnosti poznato.
“Osobno, bio bih najsretniji kada bih mogao reći da zločina na hrvatskoj strani nije bilo. Ali – bilo ih je, nažalost, i to znatno više no što je javnosti poznato. Neke pojedinosti izlaze tak sada na vidjelo. Imali smo razdoblje kada se i sama pomisao na tako nešto odbijala, odnosno kvalificirala kao antihrvatstvo. Imali smo i predsjednika Vrhovnog suda koji se proslavio monstruoznom izjavom kako Hrvat u obrani ne može počiniti ratni zločin. Naravno, da uvijek postoji i geneza zločina, da postoji ponekada i objašnjenje za zločin koje se onda u sudskom postupku može pretvoriti u olakotnu okolnost. Ali, da je zločina na našoj strani bilo – bilo ih je, i s raspravom o tome trebalo bi napokon prekinuti. Zatvaranje očiju pred činjenicama neće nam pomoći. Dapače. Podsjetit ću na nešto, što sam na tu temu rekao još godine 2003., govoreći učenicima – Hrvatima i Srbima – u istočnoj Slavoniji: “Zločince treba kazniti, ma tko oni bili. Ni jedan narod nije zaslužio da nosi teški teret zločina koje su počinili pojedinci. Narod nikada nije kriv. Uvijek su krivi pojedinci, ljudi s imenom i prezimenom. A zločin je univerzalan, zločin nema ni nacije, ni vjere.” Dakle, još jednom: zločince treba kazniti i hipoteku njihovih zločina treba skinuti s naroda. To je moje duboko uvjerenje i to je bila i moja politika kao predsjednika Republike. Dobra politika, siguran sam u to, politika koja je koristila cijeloj zemlji, a u prvome redu poštenim i časnim braniteljima koji su izložili svoje živote, nisu se ogriješili o pravila ratovanja i koji ne zaslužuju, zaista ne zaslužuju da se s njima bezdušno manipulira, kao što se radi posljednjih dana”, piše Mesić.
“Mediji su izravno, prozirno i krajnje neetički i neprofesionalno podizali tenzije”
“U poplavi tih manipulacija i laži, hrvatska je politička scena, čast vrlo rijetkim izuzecima, na haške presude reagirala nespremno, čak i nezrelo. Pa moram zaključiti sljedeće: ili imamo posla s ljudima koji doista svjesno sudjeluju u manipulacijama, ili su nasjeli odvjetničkim timovima i medijima koji su nas mjesecima uvjeravali kako će sve biti u najboljem redu, kako su argumenti optužbe na staklenim nogama, te kako će generali sigurno biti oslobođeni. Izražavati šok zbog nečega što je svatko tko je iole pozornije pratio suđenje mogao i morao očekivati, izjavljivati na političkoj razini kako je presuda neprihvatljiva za Hrvatsku, govoriti o tome kako je Hrvatska bila na optuženičkoj klupi, to nije samo neozbiljno, to je politički opasno, to vodi u onu atmosferu u kojoj je bilo moguće da dođe do spaljivanja zastave Europske unije u jednom našem gradu. A kakvu to sliku o nama stvara u svijetu, gotovo je i suvišno govoriti. Lošu – to je valjda jasno. Što se naših medija tiče, oni su u posljednjih mjesec dana, govorim na žalost o većini, ispisali još jednu sramotnu stranicu u svojoj novijoj povijesti. Mediji su izravno, prozirno i krajnje neetički i neprofesionalno podizali tenzije i nastavili su to raditi do dana današnjega. Odbrojavanje do dana presude, otvaranje Dnevnika javne televizije mjesec dana prije presude rečenicom. “Svi se boje, što će se dogoditi ako presuda bude osuđujuća”, reportaža u kojoj učenik u školi (nakon presude) izjavljuje kako smo sada”„mi proglašeni agresorima”, sve to nije ništa drugo, nego manipuliranje javnošću u funkciji stvaranja unutarnje nestabilnosti. A koja je krajnja svrha, o tome ne bih nagađao”, napisao je.
“Crkva je licemjerno pozvala na mir i dostojanstvo”
Mesić u svome pismu nije poštedio ni Crkvu koja je “dala svoj nedvojbeni doprinos podizanju tenzija”. “Najprije je objavila izjavu Komisije Iustitia et pax, pozvala da se moli i posti za pravednu presudu, čime je jasno dala do znanja kako sumnja u Haški sud. Potom je dva dana prije objavljivanja presude objavila novu Izjavu koja je krajnje negativna za Haški sud, pa je – usuđujem se reći – licemjerno pozvala na mir i dostojanstvo, da bi se na dan donošenja presude služile mise za generale, a nakon izricanja presude proglasila ju je nepravednom, čak i “zločinom protiv Boga”. Sve to, naravno, zanemarujući činjenicu da je riječ o postupku u tijeku, da je to prvostupanjska presuda i da – reći ću to tako – priča još nije završena.”
“U cijeli taj kontekst na kraju moram smjestiti i drastičan pad podrške ulasku Hrvatske u Europsku uniju. To me posebno boli, jer sam oba svoja predsjednička mandata posvetio otvaranju Hrvatske prema svijetu i naporima da što prije i što potpunije prihvaćamo kriterije i standarde Unije, kako bismo se kvalificirali za članstvo u njoj. Pad podrške što ga spominjem krunski je dokaz dezorijentiranosti i neobaviještenosti hrvatske javnosti u sadašnjem trenutku. Europska unija s Haškim sudom nema nikakvog posla, ni izravne veze. To je sud što su ga osnovali Ujedinjeni narodi, pri čemu moram profesionalne zaboravljivce i opet podsjetiti na činjenicu da je Hrvatska među osnivačima Suda. Sposobnost i volja da se na primjeren način nosimo i s činjenicom da su i na hrvatskoj strani počinjeni zločini, odmjeravaju se i procjenjuju u pristupnim pregovorima što ih vodimo s Unijom. To je točno i tu, dakle, neizravna veza postoji. No, bilo bi tragično kada bi nagli pad potpore ulasku u Europsku uniju značio kako se većina građana nije spremna suočiti s time da su zločini počinjeni. Ne vjerujem da je tako. Mislim ipak da ljudi nisu obaviješteni, a da je medijsko-politička manipulacija o kojoj smo prethodno govorili, polučila određene rezultate. Privremene – nadam se, “nastavlja Mesić.
“Iznio sam stvari onako kako ih ja vidim i onako kako su se odvijale. I reći ću otvoreno: zabrinut sam sadašnjim stanjem u zemlji, ne zbog optužbi i prijetnji na moj račun, nego zbog budućnosti Hrvatske. No, nije na meni da odgovaram na pitanje: što i kako dalje. Ja sam ipak bivši predsjednik. To je pitanje za one koji temeljem podrške građana sada drže kormilo zemlje u svojim rukama. Što se mene tiče, nemam se namjere dalje upuštati u razglabanja o tome tko je “kriv” za presudu Gotovini i Markaču. Mislim da sam objasnio ono što sam hrvatskoj javnosti bio dužan objasniti. Suradnja s Haškim sudom naša je Ustavnim zakonom utvrđena obveza – i nas kao države i svakog građanina. Tu sam suradnju podupirao i podupirem je i dalje, pri čemu se nadam da će što prije što veći broj naših sudova biti sposoban preuzimati suđenja za ratne zločine, i to ne samo pripadnicima one druge strane. I volio bih vjerovati da će – kako vrijeme prolazi – sve manji broj građana nasjedati prodavačima mitova i legendi koji s istinom nemaju nikakve veze. Laž ne smije upravljati našim životima. Očito je da kreatori aktualne političko-medijske histerije nisu čitali Bibliju i da im je nepoznata izreka. “Istina oslobađa.” Meni nije. Ovo što sam iznio, to je istina”, završio je bivši predsjednik.